231
DB名 MitoFish (Mitochondrial Genome Database of Fish)
別称 MitoFish (Mitochondrial Genome Database of Fish)
提供機関 東京大学海洋研究所
提供機関の所在 (国) 日本
URL http://mitofish.ori.u-tokyo.ac.jp/
カテゴリ 核酸
提供データ 魚類ミトコンドリアゲノム・データベース.
魚類の完全長ミトコンドリア・ゲノムの情報を検索・取得することができる.
また、MitoFishに登録されてているデータに対して、DNA塩基配列のBLASTを行うことも可能である.
取り扱い生物種 魚類
提供様式 Webアプリケーションによる検索および結果の閲覧.
利用条件 -
データ量 <1> Complete mtDNA Database
560件（2009年6月4日現在）
<2> Complete + Partial mtDNA Database
109,280件（2009年6月4日現在）
更新頻度 約１ヵ月ごとに更新
更新記録 -
Id 231
説明（項目なし） -
利用方法 " target="_blank">

検索インターフェース


<1> Database Search
<1-1> Simple Search
学名またはDDBJ/EMBL/GenBankのアクセッション番号を直接入力.
<1-2> Advanced Search
Order, Family, Genus, Species, GenBank Accession No., RefSeq Accession No., Voucher Specimen No., PubMed ID, Reference による複合検索が可能.
<1-3> Taxonomy Browse
系統分類から情報を閲覧する.
<1-4> Browse All
全ての魚類ミトコンドリアゲノムが Order（目）, Family（科）, Genus（属）, Species（種） の一覧表で表示される.
一覧表は、Order（目）, Family（科）, Genus（属）, Species（種）で並べ替えることができる.
<2> Homology Search
<2-1> Simple Search
塩基配列（FASTAフォーマット、プレーン・テキスト）を直接入力.
検索対象とするデータセットを以下から1つ選択

 ・Against Complete mtDNA
 ・Against Complete + Partial mtDNA

<2-2> Advanced Search
<2-2-1> Query
塩基配列（FASTAフォーマット、プレーン・テキスト）を直接入力.
検索対象とするデータセットを以下から1つ選択

 ・Against Complete mtDNA
 ・Against Complete + Partial mtDNA

<2-2-2> Options
Filter：

 Low-complexity：選択または非選択
 Mask for lookup table only：選択または非選択

Expect (E Value)：以下から1つ選択

 0.000001 | 0.0001 | 0.01 | 1 | 10 | 100

Other options：直接入力
<2-2-3> Results View Options
No. of Descriptions：以下から1つ選択

 0 | 10 | 25 | 50 | 100 | 250 | 500

No. of Alignments：以下から1つ選択

 0 | 10 | 25 | 50 | 100 | 250 | 500

Alignment View：以下から1つ選択

 Pairwise
 query-anchored with identities
 query-anchored without identities
 flat query-anchored with identities
 flat query-anchored without identities
 Blast XML
 Hit table

入力例


<1> Database Search
ヘルプページ（ http://mitofish.ori.u-tokyo.ac.jp/search_help ）に入力例がのっている.
・Anguilliformes （目名）
・Anguillidae （科名）
・Anguilla （属名）
・Anguilla japonica （種名）
・AB038556 （DDBJ/EMBL/GenBank アクセッション番号）

データ一括取得方法


データのダウンロードは提供されていない.

リンクの張り方


関連データベース


関連ソフトウェア


NCBI RefSeq, NCBI Taxonomy Browser, FishBase, The Catalog of Fishes, Fish Databases of Japan, GenBank, DDBJ, PubMed

検索インターフェース


<1> Database Search
<1-1> Simple Search
学名またはDDBJ/EMBL/GenBankのアクセッション番号を直接入力.
<1-2> Advanced Search
Order, Family, Genus, Species, GenBank Accession No., RefSeq Accession No., Voucher Specimen No., PubMed ID, Reference による複合検索が可能.
<1-3> Taxonomy Browse
系統分類から情報を閲覧する.
<1-4> Browse All
全ての魚類ミトコンドリアゲノムが Order（目）, Family（科）, Genus（属）, Species（種） の一覧表で表示される.
一覧表は、Order（目）, Family（科）, Genus（属）, Species（種）で並べ替えることができる.
<2> Homology Search
<2-1> Simple Search
塩基配列（FASTAフォーマット、プレーン・テキスト）を直接入力.
検索対象とするデータセットを以下から1つ選択

 ・Against Complete mtDNA
 ・Against Complete + Partial mtDNA

<2-2> Advanced Search
<2-2-1> Query
塩基配列（FASTAフォーマット、プレーン・テキスト）を直接入力.
検索対象とするデータセットを以下から1つ選択

 ・Against Complete mtDNA
 ・Against Complete + Partial mtDNA

<2-2-2> Options
Filter：

 Low-complexity：選択または非選択
 Mask for lookup table only：選択または非選択

Expect (E Value)：以下から1つ選択

 0.000001 | 0.0001 | 0.01 | 1 | 10 | 100

Other options：直接入力
<2-2-3> Results View Options
No. of Descriptions：以下から1つ選択

 0 | 10 | 25 | 50 | 100 | 250 | 500

No. of Alignments：以下から1つ選択

 0 | 10 | 25 | 50 | 100 | 250 | 500

Alignment View：以下から1つ選択

 Pairwise
 query-anchored with identities
 query-anchored without identities
 flat query-anchored with identities
 flat query-anchored without identities
 Blast XML
 Hit table

入力例


<1> Database Search
ヘルプページ（ http://mitofish.ori.u-tokyo.ac.jp/search_help ）に入力例がのっている.
・Anguilliformes （目名）
・Anguillidae （科名）
・Anguilla （属名）
・Anguilla japonica （種名）
・AB038556 （DDBJ/EMBL/GenBank アクセッション番号）

データ一括取得方法


データのダウンロードは提供されていない.

リンクの張り方


関連データベース


関連ソフトウェア


NCBI RefSeq, NCBI Taxonomy Browser, FishBase, The Catalog of Fishes, Fish Databases of Japan, GenBank, DDBJ, PubMed
Tips -
その他 魚類ミトコンドリアゲノム・データベース.
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