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| DB名 | Aaindex |
| 別称 | Amino acid indices and similarity matrices |
| 提供機関 | 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター |
| 提供機関の所在 (国) | 日本 |
| URL | http://www.genome.jp/aaindex/ |
| カテゴリ | - |
| 提供データ | アミノ酸の特性を表現した 20 の数値セット、アミノ酸置換マトリクス |
| 取り扱い生物種 | - |
| 提供様式 |
Webアプリケーションによる検索および結果の閲覧. FTPによるダウンロード |
| 利用条件 | - |
| データ量 |
Amino Acid Index Database Release 9.1, Aug 06 Kyoto University Bioinformatics Center 544 entries Amino Acid Similarity Matrix Database Release 9.1, Aug 06 Kyoto University Bioinformatics Center 94 entries |
| 更新頻度 | 不定期 |
| 更新記録 | - |
| Id | 4 |
| 説明（項目なし） |
AAindexは、タンパク質を構成する要素としてのアミノ酸の様々な特徴を、数値で表現したデータを収集したデータベース。AAindex1, AAindex2, AAindex3の３つのデータベースから構成されている。AAindex1は、アミノ酸の物理化学的特性や生物学的特性を表現した 20 の数値セットのデータベース、AAindex2は、アミノ酸置換マトリクスのデータベース、AAindex3は、アミノ酸ペアポテンシャルのデータベースである。AAindex1AAindex1では、20のアミノ酸について、数値的に表現できる物理化学的特性や生物学的特性のデータを収集している。基本的に文献から情報を収集している。一つのデータベースエントリーには、例えば疎水性という特性に対する20のアミノ酸の指標が20の数値として記載されている。ただし、文献によっては、全てのアミノ酸に関する数値データが記載されていることもあるので、20以下の数値データしかないこともある。それ以外には、文献情報、高い相関係数を示す他エントリーへのリンク情報が記載されている。
AAindex2AAindex2では、アミノ酸置換マトリクスの数値データを収集している。 AAindex3AAindex3では、アミノ酸ペアポテンシャルの数値データを収集している。 |
| 利用方法 |
DBGET形式のフラットファイルで作られており、GenomeNet上で、キーワードによる検索サービスが提供されている。 URL: http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind?aaindex また、GenomeNetのftpサービスよりフラットファイルを一括して取得することができる。 データ一括取得方法ftp://ftp.genome.ad.jp/pub/db/genomenet/aaindex/ リンクの張り方http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind_sub?dbkey=aaindex&composite=aaindex&keywords=[クエリ]&mode=[選択したmodeのValue値]&max_hit=[選択したentryのValue値] （例）http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind_sub?dbkey=aaindex&composite=aaindex&keywords=ANDN920101&mode=bfind&max_hit=1000 関連ソフトウェアEMBOSS BioRuby |
| Tips |
EMBOSSプログラムの pepwindow とpepwindowall は、AAindex エントリのデータを用いて疎水性プロットを描く．もし、AAindex がインストールされていれば、これらのプログラムは他のアミノ酸特性をプロットすることができる。AAindex はFTP経由で使用可能。AAindex は、aaindexextractプログラムを使用して EMBOSS に組み込むことができる。 BioRubyライブラリには、Ruby言語から利用できる、AAindexパーザクラスが用意されている。 |
| その他 | - |
| wingpro_id | 4 |